ولتحقيق جودة نوعية للنتائج وكسب ثقة المريض والطبيب المعالج تم الإرتباط ببرنامج الآيزو لمراقبة جودة الكيمياء السريرية خارجياً ويقوم المختبر بتطبيق برامج السيطرة النوعة الداخلية والخارجية وإجراء فحوص لمواد مرجعية من مناشئ عالمية ويشارك بمقارنات مع 4800 مُميز حول العالم، حيث تتم المقارنة في المملكة المتحدة. وقد تم منحنا إعتماد ISO 15189: 2012 من قبل الهيئة العراقية للإعتماد التابعة لوزارة التخطيط إعترافاً بكفاءة الخدمات المختبرية في قدراتها التقنية، فالإعتماد هو ختم ضمان الجودة الذي يُثبت ان المختبر يقدم خدماته وفقاً لأعلى المعايير الدولية.  ومن الجدير بالذكر ان مختبر مستشفى الإمام الحجة (عج) هو المختبر الوحيد في الفرات الأوسط الذي حاز على شهادة الإعتماد.